Если тормозит БД - то нужно включить лог медленных запросов, найти где они создаются в движке и оптимизировать их.
Раздел "оптимизация" в руководстве по Mysql также сможет помочь.
Если все индексы правильно расставлены, то скорее всего в запросах используется функция, которая не позволяет Mysql кешировать запрос. Этим грешат разные модули, например Mega filter.
Необходимо зайти в PhpMyAdmin и выполнить SQL запрос подобного рода
ALTER TABLE oc_product_attribute ADD INDEX attribute_id ( attribute_id );
ALTER TABLE oc_product_attribute ADD INDEX language_id ( language_id );
ALTER TABLE oc_product_description ADD INDEX language_id ( language_id );
ALTER TABLE oc_product_image ADD INDEX product_id ( product_id );
ALTER TABLE oc_product_image ADD INDEX sort_order ( sort_order );
ALTER TABLE oc_product_option ADD INDEX product_id (product_id);
ALTER TABLE oc_product_option ADD INDEX option_id (option_id);
ALTER TABLE oc_product_option_value ADD INDEX product_option_id (product_option_id);
ALTER TABLE oc_product_option_value ADD INDEX product_id (product_id);
ALTER TABLE oc_product_option_value ADD INDEX option_id (option_id);
ALTER TABLE oc_product_option_value ADD INDEX option_value_id (option_value_id);
ALTER TABLE oc_product_option_value ADD INDEX subtract (subtract);
ALTER TABLE oc_product_option_value ADD INDEX quantity (quantity);
ALTER TABLE oc_product_reward ADD INDEX product_id ( product_id );
ALTER TABLE oc_product_reward ADD INDEX customer_group_id ( customer_group_id );
ALTER TABLE oc_product_to_category ADD INDEX category_id ( category_id );
ALTER TABLE oc_product_to_store ADD INDEX store_id ( store_id );
ALTER TABLE oc_setting ADD INDEX store_id ( store_id );
ALTER TABLE oc_setting ADD INDEX `group` ( `group` );
ALTER TABLE oc_setting ADD INDEX `key` ( `key` );
ALTER TABLE oc_setting ADD INDEX serialized ( serialized );
ALTER TABLE oc_url_alias ADD INDEX query ( query );
и все в таком духе
Если при выполнении возникают ошибки вероятно данные индексы у вас уже присутствуют.
Вообщем не забивайте движок с не совсем нужными модулями и плюшками чем меньше код тем легче работать!
